中国科学院昆明动物研究所（以下简称昆明动物所）直属于中国科学院，是我国生物多样性演化、保护与可持续利用领域的综合性研究机构。昆明动物所成立于1959年4月，其前身为昆虫研究所紫胶站，1963年改名为中国科学院西南动物研究所，1970年划归云南省后改名为云南省动物研究所，1978年重归中国科学院，恢复原所名。
2015年，在中国科学院组织的“十二五”验收工作中，突破二“基因组进化”和培育方向四“疾病动物模型和新药研究领域”被评为优秀。在四类机构建设方面，组织推进“中国科学院动物进化与遗传前沿交叉卓越创新中心”建设，参与 “脑科学与智能技术卓越中心”、“生物安全大学科中心”和“创新药物研究院”的建设。在重大科学设施和平台建设方面，“模式动物表型与遗传”国家重大科技基础设施项目获批立项。
围绕研究所“十三五”规划，确定立足于我国及东南亚丰富的生物多样性资源，瞄准“遗传、发育和进化交叉统一”的重大科学前沿，面向动物基因资源的发掘利用和疾病动物模型创制的国家重大需求的目标定位，凝练了“动物复杂性状的进化解析与调控”、“灵长类动物模型与重大疾病机理”、“家养动物及其野生近缘种基因资源发掘”等三个重点突破方向。
昆明动物所现有研究团队36个；有遗传资源与进化国家重点实验室、中国科学院和云南省动物模型与人类疾病机理重点实验室、中国科学院与云南省共建的“动物生殖生物学重点实验室”和“畜禽分子生物学重点实验室”；中国科学院-德国马普青年科学家小组2个；中国科学院-英国东安格里亚大学生态学与环境保护中心、与香港中文大学联合共建“生物资源与疾病分子机理联合实验室”、非法人研究单元“中国科学院昆明灵长类研究中心”；中国科学院生命条形码南方中心；西南生物多样性实验室；昆明国家生物产业基地实验动物中心；中国科学院昆明生物多样性大型仪器区域中心等联合共建的研究平台；无量山黑冠长臂猿监测站和昭通大山包野生动物野外观测站2个野外台站。
中国科学院与云南省合作共建的“昆明动物博物馆”，馆藏各类动物标本76万余号，是我国热带、亚热带动物种类、数量收藏最多的标本馆。图书馆有中、外文科技藏书3.8万册，中外文科技期刊16万余册。200万以上大型仪器装备总值4000余万元。
截至2015年底，昆明动物所共有在职职工442人。其中科技人员166人、科技支撑人员231人，包括中国科学院院士1人、发展中国家科学院院士1人、研究员及正高级工程技术人员34人、副研究员及高级工程技术、高级实验技术人员58人。
共有“西部之光”人才入选者100人（新增8人），青年创新促进会会员17人（新增3人），青年创新促进会优秀会员1人（新增1人）；国家杰出青年科学基金获得者10人。
昆明动物所是1980年国务院学位委员会批准的博士、硕士学位授予权单位之一，现设有动物学、遗传学、细胞生物学、神经生物学等4个专业二级学科博士研究生培养点，动物学、遗传学、细胞生物学、神经生物学、生物化学与分子生物学、生物工程等6个专业二级学科硕士研究生培养点和基础医学一级学科硕士研究生培养点，并设有生物学等1个专业一级学科博士后流动站，共有在学研究生335人（其中硕士生164人、博士生171人）、在站博士后23人。
2015年，昆明动物所共有在研项目510项（新增104项）。其中，主持国家重点基础研究发展计划（973）项目2项、主持课题12项（新增1项），国家高技术研究发展计划（863）课题1项，国家科技基础性工作专项3项；主持国家自然科学基金创新群体1项，重点项目1项，NSFC-云南省联合基金重点项目10项（新增2项），重大研究计划6项（新增1项），国际合作与交流项目4项（新增2项），国家杰出青年科学基金项目3项，国家优秀青年科学基金项目3项，面上项目61项（新增9项），青年项目42项（新增7项）；主持中国科学院战略性先导科技专项1项、项目3项、课题18项（新增1项），院前沿科学重大突破择优支持1项，院重点部署项目6项（新增1项），院科技服务网络计划（STS计划）2项（新增1项）；主持云南省科技厅重大项目1项，重点项目12项（新增2项），面上项目23项（新增8项）。
2015年，昆明动物所在多个研究方向均取得了重要进展。在动物复杂性状的进化机制方向，获得了蝴蝶高质量基因组，并首次在蝴蝶中实现了CRISPR/Cas9 基因编辑，通过基因组分析揭示了藏鸡高原适应的潜在遗传机制，破译了首个“现代蛙类”—高山倭蛙的基因组；在疾病机理解析方向，发现自噬参与帕金森疾病的发生并发现褪黑素具有预防作用，揭示了A-T病人小脑神经元退行性病变的表观遗传调控新机制；在家养动物起源方向，采用丰富的家犬基因组数据，首次揭示了家犬扩散到世界各地的迁徙路线，建立了第一个犬类SNP数据库；在基因资源挖掘方向，通过对大豆基因组学的比较研究，阐明了大豆在人工选择下进化的基因组变化模式，找到了一批大豆重要性状基因；在肽类分子探针与候选药物方向，揭示了蜈蚣毒素通过激活离子通道诱导疼痛的分子机制，以抗菌肽为探针发现了动脉粥样硬化新机制与药物靶点，并应邀为Chemical Review 撰写长篇综述，全面总结了两栖动物皮肤分泌物中神经毒、抗氧化多肽、凝集素、皮肤修复肽等的研究进展。上述研究成果发表于Nature Biotechnology、Immunity、Cell Stem Cell、Nature communication、PNAS等国际一流期刊，并被多家杂志和媒体进行亮点报道。
2015年，发表论文290篇，其中SCI论文231篇，包括发表在Chemical Reviews、Nature Biotechnology、Cell Stem Cell、Immunity等五年影响因子（IF）>20的国际著名期刊论文5篇，IF>9的期刊论文21篇，5<IF≤9的期刊论文70篇。申请专利16项（受理），获授权13项，签署新药转让合同1份，签署专利实施许可合同1项，新增院地合作专项3项、技术服务和技术咨询项目11项。登记软件著作权4项。
2015年，昆明动物所共派出111人次出访24个国家和地区进行交流合作。接待国外来访学者55人次。在研的国际合作项目11项，新获中国科学院国际人才交流计划4项。与斯里兰卡卢胡纳大学、肯尼亚国家博物馆和尼日利亚伊巴丹大学签订了合作备忘录。推进实施国际生命条形码和“国际两栖爬行类生命条形码计划（Cold Code）”项目，积极参与 “中非中心”、“东南亚中心”和“中斯中心”建设。
昆明动物所是云南省动物学会、云南省细胞与生物学会、云南省免疫学会的挂靠单位，负责编辑出版动物学核心刊物《动物学研究》，该刊物入选“2015中国国际影响力学术期刊”和“2015中国百强报刊”。
