2010年是研究所全面完成“十一五”目标，启动“创新2020”试点，规划未来5-10年发展的关键年。围绕院的规划和创新工作，研究所在生命科学与生物技术局的部署下，积极牵头完成了生命科学四大领域之一的战略生物资源与生物多样性领域“十二五”发展规划，并牵头组织了相应的先导专项。与此同时，在区域层面，研究所牵头的“西南生物多样性实验室的建设”已顺利开工，“中国科学院昆明生物多样性大型仪器区域中心”建设已基本完成一期工作，并为二期建设奠定了良好基础。在院和分院的领导下，目前正在积极推动和参与“中国科学院西南资源与生命科学技术研究院”的建设规划及西南区域创新集群的规划。
2010年研究所在棘蛙族类群揭示喜马拉雅和东南亚地区重要地质历史事件、经济学契约理论检测生物的共生系统研究、家蚕基因组甲基化谱测定、非人灵长类转基因动物的研究、肽类抗氧化系统研究等方面取得了显著成果。“动物模型与人类疾病机理重点实验室”正在积极参与申报国家重点实验室。“昆明国家生物产业基实验动物和动物实验中心”已基本建设完工，支撑作用逐步显现。
研究所承担重大科技任务方面的能力也不断提升。2010年，研究所新争取到有代表性项目72项，合同经费7784.34万元（院外经费3948.14万元，院内经费3836.2万元）。其中，主持国家基金委重大项目1项，国家基金委杰出青年科学基金1项，国家基金委重点项目1项；“十二五”重大新药创制专项1项；承担973计划的课题2项；国家科技支撑计划课题3项；“创新2020”重要方向项目3项，“创新2020”生命科学领域基础前沿研究专项1项；云南省高端人才2项。2010年，全所共发表论文249篇，包括SCI论文183篇（Nature及其系列 6篇， Science 2篇，IF>10以上的论文12篇，IF>9以上论文29篇）、CSCD论文60篇和国际会议论文摘要4篇。申请专利18项，授权专利6项。获云南省自然科学一等奖2项。
近年科研成果
获奖成果和重要科研进展
一．获奖成果：
由赖仞研究员主持的“吸血蜱与其宿主相互作用的分子机制研究” ，从分子水平上揭示了蜱成功吸血的机制，并对相关活性物质的结构和功能进行了深入研究，为后期应用开发研究提供了先导分子，为从分子水平上深入了解蜱类与宿主之间的相互关系、寻找有效地蜱类生物防治策略提供了论基础。该成果荣获云南省科技成果奖（自然科学类)二等奖。
二、重大科研成果或进展
1、张亚平院士研究组与加州大学伯克利分校脊椎动物博物馆的David B. Wake院士研究组的“Spiny frogs (Paini) illuminate the history of the Himalayan region and Southeast Asia”。棘蛙族类群揭示喜马拉雅和东南亚地区重要地质历史事件2010年8月被美国科学院院刊（PNAS）作为封面文章发表，著名地质学家An Yin评价“The work presented by Che et al. is the first large-scale paleogeographic reconstruction of the Indo-Asian collision zone using a biological approach. This is an important start and I expect more work along the same line to emerge in the coming decades”。同时，Nature China作为最新研究亮点进行了评论。
2、由中国科学院昆明动物研究所生态学与环境保护中心Douglas W. Yu教授、哈佛大学、多伦多大学共同完成的“利用经济学契约理论检测共生系统（Economic Contract theory tests models of mutualism）”的文章，从一个崭新的角度解释了生物界的共生关系，这一观点冲击了共生研究中的经典理论，即宿主在长期进化中形成了通过提供奖励或施与惩罚来维持共生关系。2010年9月被美国科学院院刊（PNAS）作为封面文章发表。
3、2010年5月2日，由中国科学院昆明动物研究所王文研究组、联合深圳华大基因研究院、西南大学、上海肿瘤所等在NATURE BIOTECHNOLOGY发表“家蚕基因组甲基化谱”，这是我国科学家在家蚕基因组研究领域取得的又一项重要成果。家蚕甲基化谱的完成不但对理解昆虫表观遗传学调控的提供了重要的参考资料，也为进一步发掘家蚕人工驯化过程中潜在的表观遗传学贡献奠定了坚实的研究基础。
4、2010年10月12日，PNAS报道了中国科学院昆明动物研究所季维智研究员的非人灵长类转基因动物的研究成果。这项研究成果不仅是我国首例获得成功的转基因猕猴研究，同时也标志着昆明动物研究所在非人灵长类转基因动物研究方面达到了世界领先水平，这为未来人类重大疾病的非人灵长类动物模型的深入研究奠定了坚实的基础。
5、昆明动物研究所赖仞研究组与上海药物研究所林东海研究组在肽类抗氧化系统研究取得新进展，提出了基因编码的多肽类抗氧化系统，并命名为“第三套”抗氧化系统（Mol Cell Proteomics，2009）。抗氧化作用机制研究表明抗氧化多肽序列中的还原性半胱氨酸对快速地清除自由基起着关键作用。该研究结果最近网上发表于美国自由基生物医学联合会会刊（Free radical biology & medicine, 2010）。
