| 获奖年度 | 获奖名称 | 主要完成人 | 获奖类别 | 获奖等级 |
| 2013 | 基因组多样性与亚洲人群的演化 | 张亚平、孔庆鹏、吴东东、彭旻晟、孙昌 | 云南省自然科学奖 | 特等奖 |
| 2013 | 冷冻动物园--野生动物细胞库的创建与应用 | 施立明、杨凤堂、佴文惠、刘瑞清、王金焕 | 云南省科技进步奖 | 三等奖 |
| 2012 | 年轻新基因起源和遗传进化的机制研究 | 王文，杨爽，周琦，蔡晶，李昕 | 国家自然科学奖 | 二等奖 |
| 2012 | 抗菌肽的应用基础研究及其产业化 | 刘志刚、赖仞、夏立新、彭永鹤、李荔、杨海龙、李永新、邓利、李建许、张森 | 广东省科技进步奖 | 二等奖 |
| 2012 | 西藏红拉雪山黑白仰鼻猴保护生物学研究 | 向左甫、李明、刘志谨、肖文、崔亮伟、王林 | 湖南省自然科学 | 三等然 |
| 2012 | 基因结构变异与人类进化和疾病发生的分子机制研究 | 肖春杰(云南大学医学院)，宿兵(中国科学院昆明动物研究所)，郑冰蓉(云南大学)，石宏(中国科学院昆明动物研究所)，胡卫红(云南大学)，俞海菁(云南大学) | 云南省自然科学奖 | 1 |
| 2012 | 人前列腺液抗肿瘤及微生物多肽的分离纯化及活性研究 | 申吉泓(昆明医学院第一附属医院)，张云(中国科学院昆明动物研究所)，赵晖(昆明医学院第一附属医院泌尿外科) | 云南省自然科学奖 | 3 |
| 2011 | 纵向岭谷区“通道-阻隔“作用规律与生态系统多样性维持机制 | 张亚平（4） | 云南省自然科学奖 | 1 |
| 2011 | 滇池金线鲃的人工驯养繁殖研究 | 杨君兴、潘晓赋、李再云、陈小勇、崔桂华、张汝斌 | 云南省科技进步奖 | 3 |
| 2011 | 生物医学实验动物精子超低温冷冻保存的研究 | 司维，季维智李亚辉（云南农业大学) | 云南省自然科学奖 | 3 |
| 2010 | 真兽类若干类群的分子系统学研究 | 张亚平 于黎 罗静 | 云南省自然科学奖 | 1 |
| 2010 | 新基因起源和遗传进化的机制研究 | 王文 杨爽 周琦 张越 赵若苹 俞海菁 蔡晶 | 云南省自然科学奖 | 1 |
| 2010 | 云南两栖爬行动物分类区系及其适应性进化 | 杨大同、饶定齐、刘万兆、利思敏、吕顺清 | 云南省自然科学奖 | 2 |
| 2010 | 灵长目几个类群代表物种的染色体涂色研究 | 佴文惠、杨凤堂、王金焕 | 云南省自然科学奖 | 3 |
| 2009 | 吸毒人员瞳孔快速检测鉴定仪 | 马原野，杨明鹤，高运弘，曾涛，黄亚坤，万涛，施云涛 | 云南省科技进步奖 | 3 |
| 2009 | 吸血蜱与其宿主相互作用的分子机制研究 | 赖仞，杨海龙，梁建国，张克云，李建许，李东升 | 云南省科技成果奖（自然科学类) | 2 |
| 2008 | 抗HIV药物研发关键技术建立及其应用 | 郑永唐 杨柳萌 王睿睿 张高红 王云华 欧阳东云 王媛媛 | 云南省科技成果奖(科技进步类) | 1 |
| 2008 | 云南省HIV毒种库建设及分子流行病学研究 | 郑永唐 | 云南省科技成果奖(科技进步类) | 3 |
| 2008 | 灵长类核移植与干细胞的研究 | 季维智 牛昱宇 杨世华 李天晴 王淑芬 和协超 唐向辉 谢云华 陈永昌 纪少珲 | 云南省科技成果奖（自然科学类) | 2 |
| 2008 | 两栖动物活性多肽的结构与功能研究 | 赖仞 张云 李建许 张亚平 郑永唐 徐学清 杨海龙 李文辉 | 云南省科技成果奖（自然科学类) | 1 |
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