李雷研究团队成果“基因组拼接的新方法—BAUM”入选2018年度“中国生物信息学十大进展”
2019-02-22 | 作者: | 来源: 【打印】

  中心李雷研究团队发表于《生物信息学》期刊的文章“BAUM: improving genome assembly by adaptive unique mapping and local overlap-layout-consensus approach”,经《基因组蛋白质组与生物信息学报》,简称GPB(Genomics, Proteomics and Bioinformatics)评审,入选2018年度“中国生物信息学十大进展”。   

  高质量的基因组是进化与遗传研究、精准医疗的基石。基因组拼接是以高通量测序技术为基础的核心计算生物学问题。李雷研究团队将计算数学中的迭代、逐步逼近方法用于基因组拼接,研发了新方法BAUM。BAUM拼接方法的核心是以不同的准则反复映射序列,这可以通过该研究团队原创的SEME映射算法实现。BAUM通过调整映射唯一性准则,量化基因组中由重复序列导致的不确定性。该方法被成功地运用到了高原鼢鼠、鼠兔等基因组的拼接。由于采用逐步逼近方法,BAUM可以成为整合不同测序平台数据的工具。

  工具链接: 

  http://www.zhanyuwang.xin/wordpress/index.php/2017/07/21/baum

  原文信息: 

  Wang A, Wang Z, Li Z, Li LM. BAUM: improving genome assembly by adaptive unique mapping and local overlap-layout-consensus approach. Bioinformatics 2018;34:2019–28. PMID: 29346504

  原文链接:   

  https://academic.oup.com/bioinformatics/article-abstract/34/12/2019/4810438

  

    《基因组蛋白质组与生物信息学报》简介 

  《基因组蛋白质组与生物信息学报》(Genomics, Proteomics & Bioinformatics,简称GPB,ISSN 1672-0229,CN 11-4926/Q)创刊于2003年,现为双月刊,是由中国科学院主管、中国科学院北京基因组研究所与中国遗传学会共同主办的英文期刊,由国际出版集团Elsevier与中国科技出版传媒股份有限公司合作以金色开放获取(Open Access)的模式出版发行。

  主要刊载:来自世界范围内组学、生物信息学及相关领域的综述(Review/ Resource Review)、研究论文(Research Article)、工具(Application Note)、方法(Method)、实验技术(Protocol)、研究展望(Perspective)、研究亮点(Research Highlight)、预览(Preview)、新闻观点(News and Views)、历史笔记(Historical Note)等高质量的稿件,以及具有专业特色的数据库(Database)、网络服务器(Webserver)和软件(Software)文章,尤其关注基于高通量测序技术的大数据的获取、分析及整合存储,突出刊物的前沿性、应用性和国际性。

0871-65199125cceaeg@mail.kiz.ac.cn
中国科学院 中科院昆明动物研究所 中科院动物研究所 中科院上海生命科学研究院 中科院数学与系统科学研究院
中科院遗传与发育生物学研究所 中科院水生生物研究所 中科院北京基因组研究所 中科院北京生命科学研究院 中科院古脊椎动物与古人类研究所
中科院成都生物研究所 中科院西安分院 中国科技大学